Einige grundlegende Unterschiede zwischen der IE9-Mobile- und der IE9-Desktop-Version kurz zusammengefasst:

IE9 Mobile Features, die nicht in der Desktop-Variante angeboten werden:

• GPS Support – die Desktop-Version verwendet IP Look-Ups und andere weniger genaue Methoden.
• viewport Tag Support (allerdings werden die minimal-scale, maximum-scale und inital-scale Properties nicht unterstützt).
• Support für -ms-text-size-adjust (auto | none | percentage), um die Schriftgröße auf mobilen Devices anzupassen.

IE9 Desktop Features:

• Herunterladbare Fonts. Font face wird dabei weiterhin unterstützt, allerdings werden die Dateien im mobilen Browser nicht heruntergeladen.
• Cross-Window-Communication – d.h. Skripte können nicht auf ein Browser-Fenster zugreifen.
• CMYK-Images.
• Multi-Stream-HTML-Audio.
• JIT-Support für JavaScript.

via Sitepoint